الجوانب السلبية لبرمجيات الويب:

عدم استقبال البرمجية لأكثر من أمر سوياً خلافاً لبرمجيات الويندوز, فعندما يستغرق الأمر الأول وقت وتقوم بإعطاء البرنامج أمر ثاني فإن البرنامج تلقائيا سيتجاهل الأمر الأول و يقوم بتنفيذ الثاني (كما في صفحات الإنترنت بشكل عام), لذا عليك الإنتظار حتى ينهي البرنامج الأمر الأول. وهذا يتسبب ببطء باستخدام البرنامج و لكن هذا البطء لا يتعدى أجزاء من الثانية, و لكن للإيضاح وجب التنويه عن ذلك.
بعض الميزات و الوظائف الجاهزة الموجودة بالويندوز و التي عادة يتم استدعاؤها من خلال برمجيات الويندوز لا يمكن استدعاؤها في برمجات الويب و يتم الاستعاضة عنها ببرمجيات أقل مرونة (ومثال ذلك لوحة التاريخ في الويندوز أو شجرة الملفات على الحاسب أو الآلة الحاسبة الخاصة بالويندوز).
في بعض الحالات نضطر إلى تقسيم السجلات الطويلة وتوزيعها على صفحات متعددة في برمجيات الويب. مثال ذلك قائمة تحتوي سجلات طلاب مدرسة, ففي برمجيات الويندوز يمكننا عرض القائمة بمحتوى 10000 سجل ضمن نافذة واحدة, بينما في برمجيات الويب لا يمكننا ذلك و لسبب بسيط هو أن برمجيات الويندوز تعتمد على ذواكر الحاسب كلها أما برمجيات الويب تعتمد على الذاكرة المخصصة للمتصفح فقط. فلا يمكننا عرض محتويات ضخمة من البيانات ضمن الصفحة الواحدة, و نستبدلها بميزات للبحث وفلترة النتائج أو تعدد الصفحات.